真新镇-最初的神奇宝贝
二周目结束后还是出现在家二楼，出门飞到关东地区的真新镇，找大木博士，博士会送主角关东御三家之一
Lv5
Lv5
Lv5
大吾与丰缘御三家
还是关东地区，飞到山吹市，进西鲁夫遗迹公司，遇到丰缘冠军大吾，送主角丰缘御三家之一
绿色石头-Lv5
红色石头-Lv5
蓝色石头-Lv5
选完宝可梦大吾就走了，前往尼比市的科学博物馆，再次见到大吾跟他对话
之后再回山吹市的西鲁夫遗迹公司，大吾又回来了（瞬移），可以用
交换
空手大王信彦与巴尔郎
从圆朱市右侧出发来到研钵山，从有三棵树果的洞口进去，两侧冲浪，攀瀑上去
进洞后一路往右走，继续冲浪奔跑，图3处跳下去，继续左跑，来到图4处
不断的冲浪奔跑后来到图1处，进入地下一层去，找到图2的楼梯
空手大王信彦就在这里，与之对战
使用宝可梦
Lv34
Lv34
获胜后得到 Lv10
叉耳皮丘的故事
携带闪光+命运的邂逅的皮丘前往桐树林，调查神庙
一只叉耳皮丘出现与闪光皮丘玩的不亦乐乎
之后出现森林管理员出现，对话后收服叉耳皮丘
交换日志
登录马志士电话号码后（获取方式见6楼）前往山吹市的列车站与其对话可以用
交换外国版的
登录阿蜜电话号码后（获取方式见6楼）前往浅葱道馆与其对话可以用任意宝可梦交换
登录小刚电话号码后（获取方式见6楼）在星期一、四、六的17：00-19：59的地鼠洞穴会碰到小刚，与其对话可以用
交换
呆呆兽之井续集
还记得桧皮镇旁的呆呆兽之井吗，再次探险下去
原先火箭队站的地方可以通过了，进入广阔的地下河，获得王者之证
阿鲁夫遗迹攻略
首先是遗迹上方的化石盔区域，在未知图腾墙壁前使用穿洞绳可以打开密室房间，最终会掉到地面上布满未知图腾的密室
当拼好拼图后会掉到充满未知图腾的房间，刚掉下就从研究所人员处获得未知图腾笔记
遗迹下方冲浪到化石翼龙区域，墙壁前使用闪光打开密室
另外两个遗迹区域要从32号路的连接洞穴通过，进入地下一层
分岔路上方是凤王区域，下方是菊石兽区域
先去上路，当队伍中携带凤王的时候调查墙壁就会打开密室
下路的菊石兽密室用道具水之石打开（略高端）
最后一个拼图也搞定
当解开4个密室以及拼好4个拼图，同时还要捕捉26种不同形态的未知图腾后，前往遗迹研究所添加笔记记录
之后返回阿鲁夫遗迹洞穴调查发光石壁，研究员跑来说又有新发现，跟着回去
添加笔记到8页后再次前往阿鲁夫遗迹洞穴第一层，就可以遇到！和？形态的未知图腾
最后在跟研究所人员对话，终于解开了阿鲁夫遗迹的故事
附上一张28种未知图腾
洛托姆的房间
在山吹市的西鲁夫遗迹公司，原本电梯是故障进不去的
当携带洛托姆时候，公司里一个人都没有，同时可以进电梯并运行，会到达一个洛托姆的房间
当洛托姆分别装进不同马达时候就会变化形态（从左至右）
谢米与冰空的花束
当携带命运邂逅的谢米进入金黄道馆隔壁的花店时候，会从工作人员那里得到冰空的花束，白天对谢米使用后可以改变形态
